Главный престол собора был освящен 12 сентября 1899 года епископом Самарским и Ставропольским Гурием (Буртасовским; †1907), на следующий день было совершено освящение правого придела в честь Казанской иконы Божией Матери. При храме была также устроена колокольня, на которой было три колокола: большой, весом 624 пуда, был отлит в Саратове, средний, весом 300 пудов, был отлит в Ярославле, и малый, весом 200 пудов.
В годы Советской власти: В 1936 году была уничтожена колокольня собора. Предполагалось уничтожение и самого храма, но по неизвестным причинам намерение свое гонители не исполнили. В ноябре-декабре 1935 года было арестовано практически все духовенство города Пугачева во главе с викарным епископом Стефаном (Виноградовым). В 1937 году храм был окончательно закрыт, и его здание использовалось в качестве зернохранилища. В 1942 году в нем были возобновлены богослужения, но передан верующим храм был только в 1945 году.
В наши дни: При храме построено здание, в котором проходят занятия воскресной школы и по праздникам организовываются чаепития для детей. Приписаны: молельная комната при ЦРБ в с. Тургеневка Пугачевского района, храм-часовня во имя Святого великомученика Димитрия Солунского г. Пугачева.